Für den wirtschaftlichen Betrieb eines Aquaponik-Farmsystems sind drei Bereiche besonders hervorzuheben: die Systemtechnik, das Fachpersonal und die Vermarktung. Die Systemtechnik muss die kalkulierten Produktionsmengen ermöglichen, das Fachpersonal muss in der Lage sein, das maximale Produktionsvolumen herauszuholen und das Vermarktungs- und Vertriebskonzept muss die Produkte und Mengen zu einem guten Preis am Markt platzieren.